学院应用经济学学科的设立肇始于1937年重庆大学商学院建院时期。首位专任院长、著名经济学家马寅初先生，是我国早期留美的经济学博士（哥伦比亚大学）；第二任院长陈豹隐先生和北大陈岱荪先生两人是新中国第一次高教部评聘的经济学一级教授。

改革开放后，学院应用经济学学科的科研与研究生培养始于1991年设立的“技术经济”硕士点，授经济学学位；1993年开始在技术经济博士点中设立数量经济、金融证券和产业经济等研究方向。1996年电力技术经济列入国家“211工程”重点建设项目，后逐步独立设置产业经济学、数量经济学、金融学、区域经济学、国际贸易学等硕士点；2005年设立应用经济学一级学科硕士点；2006年设立重庆市首个经济学博士点；2011年设立应用经济学一级学科博士点。

1999年至今，本学科持续获准重庆市一级学科重点学科，并被评为“优秀”。2022年，学院的应用经济学学科位列软科“中国最好学科排名”前20%。应用经济学学科已形成了一支结构合理、素质优良的学术带头人队伍和师资队伍，拥有国家级人才3人，国家社科重大项目首席科学家2人，爱思唯尔高被引科学家2人，省部级以上科研平台3个。在区域经济与能源经济、金融经济学理论与改革、能源经济效率与污染治理、财政金融与农村经济发展、内生增长与税收政策等研究领域不断开拓和创新；在平台拓展、研究条件、团队建设和成果转化等方面形成了鲜明的特色与优势，已成为重庆及中西部地区应用经济学领域科学研究、人才培养和决策资政实力最为雄厚的学科基地之一。

本学科博士人才培养目标：具有坚实宽广的经济学科理论基础与专业知识，具备宽广的国际视野，系统掌握相关领域专业文献；跟踪学术前沿，深入了解国内外相关领域最新研究动态，能够创造性地提出新观点、理论、方法或创新性地利用最新研究成果解决重要的实际问题；具备在相关领域独立从事学术研究的能力。